출처 : http://kimstar.kr/1191/

#1

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Application.Exit();

윈도우는 마우스나 키보드 입력같은 사용자 이벤트를 Queue에 넣고
System.Windows.Forms.Application.Run 에서는 MessageLoop를 실행합니다.

Application.Exit() 실행시 MessageLoop안에서 호출되므로
기존 메시지를 모두 처리하고 정상적으로 종료하게 됩니다.

또한 Application.Exit()으로 종료 요청시 FormClosing 이벤트 핸들러를 실행하므로
Stream이나 IO 등을 종료하시면 되겠습니다.

#2

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Application.ExitThread();
Environment.Exit(0);

Message Loop를 모두 처리하지 않고, 현재 thread를 종료후 모든 창을 닫습니다.
Exit()와의 중요한 차이점은 FormClosing 을 호출하지 않는점입니다.
System.Windows.Forms.CloseReason을 보시면
Application은 다양한 이유로 종료가 될 수 있는데
상황에 따라 FormClosing에서 thread의 종료 처리등을 해주어야 하지만
ExitThread()에서는 이를 수행할 수 없게됩니다.

Environment.Exit(0) 역시 Process와 모든 Thread를 그냥 죽여버리고 종료로 진입하며,
OS에 exitCode로 0(정상종료)를 리턴합니다.
참고 : http://www.hiteksoftware.com/mize/Knowledge/articles/049.htm

제 기억에 이 코드는 프로세스가 좀비가 되었을때 사용했었는데요..
Process를 강제로 죽이고 (이때 관련된 Thread도 죽겠죠), OS에게는 정상적으로 종료됐다고 뻥치는 코드입니다.
이것보다는 좀비가 되지 않도록 부모/자식 프로세스간의 종료처리를 명확히 해주고
Application.Exit()로 종료하는게 더 좋을듯합니다.

#3

그대도 안죽으면 강제로Process Kill 하는 방법도 있습니다.

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System.Diagnostics.Process[] mProcess = System.Diagnostics.Process.GetProcessesByName(Application.ProductName);
    foreach (System.Diagnostics.Process p in mProcess)
        p.Kill();

또는

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System.Diagnostics.Process.GetCurrentProcess().Kill();

이건 뭐.. 코드를 보시다시피 Application과 관련된 프로세스들을 모두 찾아서 kill 해주는 거죠..
뒷처리 없이 확실히 죽기는 합니다.. -_-;

C# – 프로그램 종료하기